Was Flora und Fauna betrifft, so ist Marettimo die interessanteste der Egadi Inseln. Ihre Besonderheit wird durch verschiedene Faktoren gegeben: zum einen, weil Marettimo ein Gebirgsland ist, wo sich der Kalkstein mit dem Dolomitgestein überlagert und es einen Ueberfluss an Wasser gibt; zum andern, weil Marettimo als erste zu einer Insel wurde

Die Absonderung von Flora und Fauna, die 600 Millionen Jahre zurückliegt, hat die Erhaltung von einigen Pflanzen ermöglicht, welche in Sizilien und auf den andern Inseln des Archipels verschwunden sind. Die Naturgeschichte von Marettimo begann vor ca. 50 Millionen Jahren im Tertiärzeitalter, als die Alpen aufgeschoben wurden: die Kontinentalverschiebung hat den Afrikanischen gegen den Europäischen Kontinenten gestossen. So entstand, gemäss den Wissenschaftlern, ein Kontinent, der sich von Sizilien bis Kleinasien ausdehnte, wo auch Marettimo dazugehörte. Die Bestätigung dieser Hypothese erhält man durch das Vorkommen der endemischen Pflanze Scabiosa Limonifolia, welche dort herstammt.Andere Pflanzenarten, welche nur auf Marettimo vorkommen, wie z.B. die Daphne Oleifolia und die Erodium Maritimum bestätigen weitere geologische Veränderungen vor ca. 20 Mio. Jahren. Am Anfang des Qartiärzeitalters wird Marettimo als Insel abgetrennt. So bewahrt sich eine Vegetation, welche keinen äusseren Entwicklungen ausgesetzt wird und sich so unverändert über Millionen von Jahren bis heute erhalten konnte